Quan els fou concedida l'illa de Malta per l'Emperador Carles V, els Cavallers de Sant Joan simplement seguiren usant aquelles banderes prèviament emprades a l'illa de Rodes. A més, hi havia una bandera particular que s'emprava només quan el Gran Mestre de l'orde era abord, consistent en un quarterat de la creu de Sant Joan amb les armes heràldiques del Gran Mestre.
Font: Adrian Strickland, «The Vexillological Heritage of the Knights of Saint John in Malta», comunicacions del XVII Congrés Internacional de Vexil·lologia, 1999
Dimensions: pavelló de popa 12 x 18 mm, banderes de màstil 8 x 12 mm, tallamar 6 x 9 mm, gallardet 4 x 48 mm.